L'échelon local est un niveau de développement important pour les missions locales. Elles sont en effet créées à l'initiative des communes ou des groupements de communes et sont présidées par un élu d’une collectivité territoriale participant au financement de la mission locale. Le président est chargé des relations avec les collectivités (région, département, niveau local) qui sont partie prenantes de la vie des missions locales.
Dans chaque région est également constituée une association régionale des missions locales (ARML), présidée par un élu. L’activité de l’ARML se décline autour de 4 missions définies dans une convention annuelle d’objectifs (CAO).
- Une mission de coordination, de développement des compétences et de professionnalisation des missions locales.
- Une mission de capitalisation et de communication visant à répertorier, diffuser et valoriser les bonnes pratiques des missions locales.
- Une mission d'observation des jeunes des territoires et des réponses apportées par les missions locales.
- Une mission d'animation des partenariats régionaux et de représentation du réseau.
Au niveau national, le réseau des missions locales et PAIO est structuré autour de l'Union nationale des missions locales (UNML), qui est l’association réunissant ces structures pour les représenter auprès des pouvoirs publics et œuvrer en faveur de l’amélioration des dispositifs en faveur de l’insertion des jeunes. L'UNML est également un syndicat d'employeurs (négociateur et signataire de la convention collective nationale des missions locales et PAIO) et un membre fondateur du Réseau insertion jeunes (RIJ) qui fédère des associations nationales pour promouvoir les actions en vue de l'insertion des jeunes (ANDML : Association nationale des directeurs des missions locales, AFIJ : Association pour faciliter l'insertion professionnelle des jeunes diplômés, et UNCLLAJ : Union nationale des comités locaux pour le logement autonome des jeunes).
En 2008, l'UNML comptait 492 structures adhérentes dont 389 missions locales
(95% des ML existantes), les 22 associations et l’Union régionale des missions locales (URML), 39 PAIO (67% des PAIO existantes) et 42 organismes d'insertion sociale et professionnelle.
Parallèlement, l’Etat a institué le Conseil national des missions locales (CNML) pour être son interface avec le réseau des missions locales mais aussi pour être son conseil sur les questions liées à l’insertion des jeunes.